AffyQuality.R
################################################### ### chunk number 1: simpleaffy ###################################################
library("simpleaffy") library("affydata") data("Dilution")
Dilution
################################################### ### chunk number 2: qc ###################################################
qcStats = qc(Dilution)
qcStats
################################################### ### chunk number 3: qcplot ################################################### plot(qcStats)
################################################### ### chunk number 4: rnadeg ################################################### rnaDeg = AffyRNAdeg(Dilution)
################################################### ### chunk number 5: rnadeg ###################################################
plotAffyRNAdeg(rnaDeg, lwd=2)
################################################### ### chunk number 6: affyPLM ################################################### library("affyPLM") dataPLM = fitPLM(Dilution)
################################################### ### chunk number 7: NUSE ################################################### boxplot(dataPLM, ylim = c(0.95, 1.5), outline = FALSE, col="lightblue", main="NUSE", las=3)
################################################### ### chunk number 8: RLE ################################################### Mbox(dataPLM, ylim = c(-1, 1), col="lightblue", whisklty=0, staplelty=0, main="RLE", las=3)
################################################### ### chunk number 9: affyQAReport eval=FALSE ################################################### ## ## library("affyQCReport") ## library("affydata") ## data(Dilution) ## rep1 = affyQAReport(Dilution) ## openQAReport(rep1)
################################################### ### chunk number 10: ################################################### sessionInfo()