### R code from vignette source 'affydata.Rnw'

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### code chunk number 1: affydata.Rnw:47-49
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library(affydata)
data(Dilution)


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### code chunk number 2: affydata.Rnw:61-62
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Dilution


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### code chunk number 3: affydata.Rnw:69-71
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phenoData(Dilution)
pData(Dilution)


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### code chunk number 4: affydata.Rnw:83-84
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pData(Dilution) ##notice the scanner covariate


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### code chunk number 5: affydata.Rnw:94-96
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par(mfrow=c(1,1))
boxplot(Dilution,col=c(2,2,3,3))


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### code chunk number 6: affydata.Rnw:117-118
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options(warn=-1)


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### code chunk number 7: affydata.Rnw:122-125
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gn <- sample(geneNames(Dilution),100) ##pick only a few genes
pms <- pm(Dilution[,3:4], gn)
mva.pairs(pms)


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### code chunk number 8: affydata.Rnw:134-136
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normalized.Dilution <- Biobase::combine(normalize(Dilution[, 1:2]),
                             normalize(Dilution[, 3:4]))


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### code chunk number 9: affydata.Rnw:145-146
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normalize.methods(Dilution)


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### code chunk number 10: affydata.Rnw:158-159
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boxplot(normalized.Dilution, col=c(2,2,3,3), main="Normalized Arrays")


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### code chunk number 11: affydata.Rnw:169-171
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pms <- pm(normalized.Dilution[, 3:4],gn)
mva.pairs(pms)